De viktigste kontraindikasjonene for mesoterapibehandling er:

-graviditet og amming
-kreftsykdommer eller autoimmune sykdommer
-virus-, bakterie- eller soppsykdommer
-diabetes
-kutane infeksjoner
-aktiv herpes
-bruk av antikoagulantia eller betennelsesdempende legemidler
-allergi mot preparatene som brukes til mesoterapibehandling
-følsomhet for arrdannelse